El misterio del último retrato del Cardenal Borja trata del cuadro que Velázquez hizo al Cardenal poco antes de su muerte en el año 1645. El cuadro está hoy en día en paradero desconocido. En el año 2000 en Madrid y en el año 2001 en Roma hubo dos exposiciones en las que el retrato del Cardenal Borja era tema central, incluso portada del catálogo.
El libro recoge información sobre el Cardenal Borja y su familia y sobre las diferentes versiones de su último retrato. La principal aportación del libro es la presentación de una versión del retrato del Cardenal Borja que no ha sido debidamente estudiada, si bien algunos expertos la consideran superior a las otras versiones. Los análisis químicos y radiografías la sitúan en el siglo XVII y en la escuela de Madrid. El tiempo y más estudios dirán si en efecto se trata del retrato perdido del Cardenal Borja que pintó Velázquez.
El libro fue publicado en Madrid en noviembre de 2004 por la editorial Sistemas de Creación y Conocimiento. Está catalogado en la Biblioteca Nacional.
También esta catalogado en la Thomas J. Watson Library del Metropolitan Museum de Nueva York y en la Library of Congress de los EEUU.